Dans 80% des cas, la crise survient sans prévenir. La douleur s’installe soit progressivement soit brutalement, en débutant souvent derrière un œil ou dans une tempe. Elle envahit ensuite la moitié du crâne (plus rarement la totalité), et se manifeste par des élancements, des pulsations plus ou moins intenses. Sans traitement, les crises de migraine peuvent durer de quelques heures à 3 jours. La crise peut s’accompagner de nausées, de vomissements et de vertiges. Les personnes atteintes sont généralement très sensibles au bruit et à la lumière, qui accentuent leur douleur.
La fréquence des crises varie : certains migraineux souffrent de plusieurs crises par semaine alors que d’autres n’en auront qu’une par an, voire moins.
Dans 20% des cas environ, la crise est précédée par des signes annonciateurs. On parle alors de migraine avec aura.